La presente Declaratoria prohibe descargar en el río Lerma en forma directa, indirecta o diluida cualquier plaguicida, fertilizante, sustancia tóxica o residuo peligroso, señalados en las normas oficiales mexicanas NOM-CRP-001-ECOL/93, NOM-CRP-002-ECOL/93 y NOM-CRP-003-ECOL/93. Igualmente prohibe depositar o lavar en dicho río los empaques o envases de los mismos plaguicidas, fertilizantes, sustancias tóxicas o residuos peligrosos. Se establece que el uso para el que se clasifica el río Lerma en los tramos 1 al 9 es de riego agrícola y para los tramos 10 al 22, como fuente de abastecimiento de agua potable, en virtud de que el cuerpo receptor que recibe las aguas de esta corriente es el lago de Chapala, el cual debe preservarse como fuente de abastecimiento de agua potable.
Clasificación del río Lerma que establece su capacidad de asimilación y dilución, las metas de calidad del agua, los plazos para alcanzarlas y los parámetros que deberán considerarse para el cumplimiento de las descargas de aguas residuales.